No desempenho da sua atividade, o CRUP desenvolve um vasto conjunto de relações interinstitucionais que procuram intensificar e acentuar a importância da dinamização do ensino superior na vida do país.
No âmbito internacional, para além do trabalho de cooperação que desenvolve com os demais conselhos e conferências de reitores, o CRUP é membro da EUA – European University Association, associação em se encontram representadas mais de 800 universidades de 47 países.
No quadro do seu trabalho de coordenação e representação global das universidades, bem como no desenvolvimento da sua atividade de parceiro na formulação das políticas nacionais de educação, ciência e cultura, o Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas encontra-se representado nos seguintes órgãos consultivos nacionais, conselhos científicos e grupos de trabalho.