O Iscte foi criado em 1972, sob o acrónimo ISCTE – Instituto Superior de Ciências do Trabalho e da Empresa, ministrando cursos de licenciatura nos domínios da sociologia e da gestão e o objetivo de ser uma nova instituição de ensino universitário no quadro da “reforma Veiga Simão”. Ao longo dos anos o Iscte desenvolveu-se em dimensão e abrangência com novas áreas científicas. Hoje tem cinco escolas em dois campus, em Lisboa e também em Sintra desde 2022.
Em 1997, o Iscte integrou a Fundação das Universidades Portuguesas e, em 2005, o Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas (CRUP).
Em 2009, mantendo o seu caráter de universidade pública, o Iscte tornou-se numa das três universidades portuguesas em regime de Fundação Pública, gerida em direito privado. A par desta mudança, muda também a designação para Iscte – Instituto Universitário de Lisboa.
Em 2010 adquire uma nova estrutura organizacional, assente em 16 departamentos e quatro escolas: ECSH – Escola de Ciências Sociais e Humanas / ESPP – Escola de Sociologia e Políticas Públicas / IBS – Iscte Business School / ISTA – Escola de Tecnologias e Arquitetura.
Em 2020, o Presidente da República distinguiu o Iscte – Instituto Universitário de Lisboa com a Ordem da Instrução Pública.
Em 2021 começou a ser erguido o Iscte Conhecimento e Inovação, um complexo edificado destinado ao Centro de Valorização e Transferência de Tecnologias (CVTT), que vai albergar oito centros de investigação (classificados, na totalidade, com Excelente ou Muito Bom), dez laboratórios e três observatórios.
Em 2022-2023 começa a lecionar-se na quinta escola, o Iscte Sintra Escola de Tecnologias Digitais Economia e Sociedade, um novo polo localizado a 30 km de Lisboa. Aí se desenvolvem oito licenciaturas inovadoras, que primam pelo cruzamento entre tecnologias e ciências sociais, estimulando a investigação aplicada e a interdisciplinaridade, características do Iscte ao longo de 50 anos de existência.
O aniversário foi assinalado a 7 de dezembro de 2022, no “Encontro Nacional 50 anos da Reforma Veiga Simão, 50 anos de Democracia”, iniciativa destinada a debater a “Universidade: chave para o futuro”, que mobilizou o Iscte, a Comissão das Comemorações dos 50 anos do 25 de Abril, mas também o CRUP e teve o Alto Patrocínio do Presidente da República Portuguesa.
Atualmente, o Iscte tem mais de 13 mil estudantes, de 90 nacionalidades, cerca de 60% em ensino pós-graduado.