O financiamento das universidades públicas é maioritariamente proveniente das transferências de verbas inscritas anualmente no Orçamento de Estado e é regulado pela Lei n.º 37/2003 de 22 de Agosto, alterada pela Lei n.º 49/2005 de 30 de Agosto e pela Lei n.º 62/2007 de 10 de Setembro.

Para além do valor das transferências do Orçamento de Estado, as universidades públicas financiam a sua atividade através do recurso a receitas próprias provenientes de propinas, verbas de projetos de investigação, fundos comunitários, serviços prestados à comunidade, entre outros.

No caso da Universidade Católica Portuguesa, tendo sido criada pela Concordata entre o Estado Português e a Santa Sé, não tem um caráter estatal pelo que não recebe verbas provenientes do Orçamento de Estado. Assim, as suas fontes de receitas são idênticas às universidades públicas estatais, à exceção da impossibilidade de acesso ao financiamento proveniente do OE.

Segundo o relatório Education at a Glance 2011 a despesa total no ensino superior é correspondente a 1.3% do PIB, próximo da média da OCDE (1.5% PIB). Esta despesa é suportada em 62.1% por Estado e entidades públicas e em 37.9% por privados (onde se englobam as famílias). O mesmo relatório refere que em Portugal, a despesa por estudante em instituições de ensino superior público é superior a 10.000 dólares (dólares corrigidos com paridade de poder de compra).

Apesar do papel primordial que o Estado deve assumir no financiamento do ensino superior, nos últimos anos as universidades públicas portuguesas têm visto diminuir a dotação real que recebem do Orçamento de Estado (OE) para financiar o seu funcionamento. A análise que se encontra em seguida demonstra a evolução das dotações anuais recebidas do OE entre 2005 e 2011 (evolução nominal e evolução real).

Evolução orçamental das Universidades Públicas 2005 - 2011l 

Esta análise demonstra que:

- A dotação do OE disponibilizada às Universidades Públicas Portuguesas em 2011 (744M €), em montante absoluto, é ligeiramente inferior àquela verificada em 2005 (746M €);

- Em termos comparáveis a 2005, o orçamento real das Universidades Públicas Portuguesas em 2011 corresponde a apenas 647 milhões de euros, tendo-se reduzido cerca de 13% (99M €) face ao ano base;

- O crescimento nominal sentido na dotação do OE disponibilizada entre 2007 e 2010 (que subiu de 710M € para 846M €) não foi suficiente para que a disponibilidade orçamental real voltasse sequer a situar-se ao nível de 2005 – em termos comparáveis ao ano base ficou-se pelos 692M €; Ou seja, apesar dos acréscimos nominais verificados nos montantes transferidos pelo Estado, o aumento de despesas imposto às Universidades por via das atualizações salariais e dos encargos com a CGA foi de tal monta que implicou uma redução real do orçamento destas Instituições face a 2005.